2011年9月14日國家稅務總局頒布第49號公告 ， 廢止《國務院辦公廳轉發國家稅務總局關于全面推廣應用增值稅防偽稅控系統意見的通知》（國辦發[2000]12號）第三條中“凡逾期未申報認證的 ， 一律不得作為扣稅憑證 ， 已經抵扣稅款的 ， 由稅務機關如數追繳 ， 并按《中華人民共和國稅收征收管理法》的有關規定進行處罰”的規定 。并規定 ， 2007年1月1日以后開具的增值稅扣稅憑證逾期未認證或未稽核比對如何處理問題 ， 另行公告 。為完善第49號公告 ， 國家稅務總局已頒布50號公告——《關于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》 ， 該公告針對逾期且未認證的增值稅扣稅憑證抵扣進項稅額問題作了詳細規定 。現在國家稅務總局又頒布第78號公告——《關于未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證有關問題的公告》 ， 針對增值稅一般納稅人取得的已認證或已采集上報信息但未按照規定期限申報抵扣的增值稅扣稅憑證抵扣進項稅額問題作了規定 。公告所指的增值稅扣稅憑證 ， 包括增值稅專用發 票（含貨物運輸業增值稅專用發 票）、海關進口增值稅專用繳款書和公路內河貨物運輸業統一發 票 。78號公告規定 ， 增值稅一般納稅人取得的增值稅扣稅憑證已認證或已采集上報信息但未按照規定期限申報抵扣；實行納稅輔導期管理的增值稅一般納稅人以及實行海關進口增值稅專用繳款書“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人 ， 取得的增值稅扣稅憑證稽核比對結果相符但未按規定期限申報抵扣 ， 經主管稅務機關審核符合條件的 ， 允許納稅人繼續申報抵扣其進項稅額 。并隨公告下發了《未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證抵扣管理辦法》 ， 對企業應報送資料、稅務機關如何審核等問題做了具體規定 。一、可繼續抵扣進項稅額應滿足條件 公告規定 ， 屬于發生真實交易且符合以下所列客觀原因的 ， 可繼續抵扣進項稅額： （一）因自然災害、社會突發事件等不可抗力原因造成增值稅扣稅憑證未按期申報抵扣； （二）有關司法、行政機關在辦理業務或者檢查中 ， 扣押、封存納稅人賬簿資料 ， 導致納稅人未能按期辦理申報手續； （三）稅務機關信息系統、網絡故障 ， 導致納稅人未能及時取得認證結果通知書或稽核結果通知書 ， 未能及時辦理申報抵扣； （四）由于企業辦稅人員傷亡、突發危重疾病或者擅自離職 ， 未能辦理交接手續 ， 導致未能按期申報抵扣； （五）國家稅務總局規定的其他情形 。通過比較發現 ， 78號公告取消了50號公告中：“增值稅扣稅憑證被盜、搶 ， 或者因郵寄丟失、誤遞導致逾期”的情形 。可能是由于已經認證過或已采集上報信息的增值稅扣稅憑證一般不再會出現這些情形 。二、納稅人需要報送資料 納稅人申請辦理抵扣時 ， 應報送如下資料： （一）《未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證抵扣申請單》 。（二）《已認證增值稅扣稅憑證清單》 。（三）增值稅扣稅憑證未按期申報抵扣情況說明 。納稅人應詳細說明未能按期申報抵扣的原因 ， 并加蓋企業印章 。①對客觀原因不涉及第三方的 ， 發生自然災害、社會突發事件等不可抗力原因的 ， 納稅人應詳細說明自然災害或者社會突發事件發生的時間、影響地區、對納稅人生產經營的實際影響等；企業辦稅人員擅自離職 ， 未辦理交接手續的 ， 納稅人應詳細說明事情經過、辦稅人員姓名、離職時間等 ， 并提供解除勞動關系合同及企業內部相關處理決定 。②涉及第三方的 ， 企業辦稅人員傷亡或者突發危重疾病的 ， 應提供公安機關、交通管理部門或者醫院證明；有關司法、行政機關在辦理業務或者檢查中 ， 扣押、封存納稅人賬簿資料 ， 導致納稅人未能按期辦理申報手續的 ， 應提供相關司法、行政機關證明 。③對于因稅務機關信息系統或者網絡故障原因造成納稅人增值稅扣稅憑證未能按期申報抵扣的 ， 主管稅務機關應予以核實 。（四）未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證復印件 。三、主管稅務機關工作 主管稅務機關受理納稅人申請后 ， 應認真審核相關信息 ， 審核無誤后 ， 給企業發送《未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證允許繼續抵扣通知單》 ， 企業憑《通知單》進行申報抵扣 。此時注意與50號公告的區別 ， 50號公告規定 ， 對增值稅一般納稅人發生真實交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的 ， 經主管稅務機關審核、逐級上報 ， 由國家稅務總局認證、稽核比對后 ， 對比對相符的增值稅扣稅憑證 ， 允許納稅人繼續抵扣其進項稅額 。四、公告施行時間 本公告自2012年1月1日起施行 ， 增值稅一般納稅人取得2007年1月1日以后開具 ， 2012年1月1日前發生的未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證 ， 可在2012年6月30日前按本公告規定申請辦理 ， 逾期不再受理 。
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