1、傳代培養(yǎng)保藏法：包括又有斜面培養(yǎng)、穿刺培養(yǎng)、皰肉培養(yǎng)基培養(yǎng)等，培養(yǎng)后于4-6℃冰箱內(nèi)保存 。其中斜面培養(yǎng)法是將菌種接種在適宜的固體斜面培養(yǎng)基上，待菌充分生長后，棉塞部分用油紙包扎好，移至2-8℃的冰箱中保藏 。保藏時間依微生物的種類而有不同，霉菌、放線菌及有芽孢的細(xì)菌保存2-4個月，移種一次 。酵母菌兩個月，細(xì)菌最好每月移種一次 。此法為實驗室和工廠菌種室常用的保藏法，優(yōu)點是操作簡單，使用方便，不需特殊設(shè)備，能隨時檢查所保藏的菌株是否死亡、變異與污染雜菌等 。缺點是容易變異，因為培養(yǎng)基的物理、化學(xué)特性不是嚴(yán)格恒定的，屢次傳代會使微生物的代謝改變，而影響微生物的性狀，污染雜菌的機(jī)會亦較多 。
2、液體石蠟覆蓋保藏法：液體石蠟覆蓋保藏法是傳代培養(yǎng)的變相方法，能夠適當(dāng)延長保藏時間，它是在斜面培養(yǎng)物和穿刺培養(yǎng)物上面覆蓋滅菌的液體石蠟，一方面可防止因培養(yǎng)基水分蒸發(fā)而引起菌種死亡，另一方面可阻止氧氣進(jìn)入，以減弱代謝作用 。本方法的原理是在長好的斜面菌上覆蓋滅菌的液體石蠟，達(dá)到菌體與空氣隔絕，使菌處于生長和代謝停止?fàn)顟B(tài)，同時石蠟油還防止水分蒸發(fā)，在低溫下達(dá)到較長期的保藏菌種的目的 。保藏溫度要求在-4-4℃下，液體石蠟法適用于不產(chǎn)孢子的菌種 。此法實用而效果好 。霉菌、放線菌、芽孢細(xì)菌可保藏2年以上不死，酵母菌可保藏1-2年，一般無芽孢細(xì)菌也可保藏1年左右，甚至用一般方法很難保藏的腦膜炎球菌，在37℃溫箱內(nèi)，亦可保藏3個月之久 。此法的優(yōu)點是制作簡單，不需特殊設(shè)備，且不需經(jīng)常移種 。缺點是保存時必須直立放置，所占位置較大，同時也不便攜帶 。從液體石蠟下面取培養(yǎng)物移種后，接種環(huán)在火焰上燒灼時，培養(yǎng)物容易與殘留的液體石蠟一起飛濺，應(yīng)特別注意 。
3、載體保藏法：載體保藏法是將微生物吸附在適當(dāng)?shù)妮d體，如土壤、沙子、硅膠、濾紙上，而后進(jìn)行干燥的保藏法，例如沙土保藏法和濾紙保藏法應(yīng)用相當(dāng)廣泛 。
4、寄主保藏法：寄主保藏法用于尚不能在人工培養(yǎng)基上生長的微生物，如病毒、立克次氏體、螺旋體等，它們必須在生活的動物、昆蟲、雞胚內(nèi)感染并傳代，此法相當(dāng)于一般微生物的傳代培養(yǎng)保藏法 。病毒等微生物亦可用其他方法如液氮保藏法與冷凍干燥保藏法進(jìn)行保藏 。冷凍保藏法可分低溫冰箱（-20—-30℃，-50—-80℃）、干冰酒精快速凍結(jié)（約-70℃）和液氮（-196℃）等保藏法 。
5、甘油管保存法：甘油管冷凍保藏法是利用微生物在甘油中生長和代謝受到抑制的原理達(dá)到保藏目的 。其方法是將80%的甘油高壓蒸汽滅菌待用 。將培養(yǎng)好的斜面菌種用無菌水制成高濃度的菌懸液 。取1ml滅菌甘油放入與菌液充分混勻，使甘油濃度約為10%-30%，于-70℃下凍存 。-20℃保存時間較短 。或采用體積比為8：2的甘油-生理鹽水，加入新鮮培養(yǎng)的菌體肉湯，混合均勻后至-20℃冰箱保存 。該方法適用于一般細(xì)菌的保存，同時也適用于鏈球菌、弧菌、真菌等需特殊方法保存的菌種，適用范圍廣，操作簡便，效果好，無變異現(xiàn)象發(fā)生 。甘油-生理鹽水保存液保存菌種優(yōu)于甘油原液，其原因可能是加入生理鹽水適當(dāng)降低了甘油的高滲作用，且有肉湯培養(yǎng)物適量增加保存液的營養(yǎng)成分，從而更好地保護(hù)了待保存的菌株 。
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