乙型肝炎病毒基因組為一半環狀雙股脫氧核糖核酸，全長約4761個堿基對（bp)，其負股（長鏈）有4個主要開放讀碼框架（ORF）：S基因區、C基因區、P基因區和X基因區 。
1.S基因區全長1167個堿基對，由S基因、前S1基因及前S2基因組成 。S基因區編碼產物均屬于乙型肝炎病毒囊膜蛋白，即乙型肝炎表面抗原（HBsAg）的范疇 。
2.C基因區全長636個堿基對，由前C基因和C基因組成 。前C基因（87個堿基對）編碼含29個氨基酸的多肽，稱功能性信號肽；C基因（549個堿基對）編碼乙型肝炎核心抗原（HBcAg）；前C基因和C基因連續編碼，則產生乙型肝炎e抗原前體蛋白 。功能性信號肽將乙型肝炎e抗原前體蛋白引導至肝細胞內質網膜，其氨基端和羧基端被部分削減，即形成乙型肝炎e抗原 。
3.P基因區全長2496個堿基對，編碼含832個氨基酸的多肽，稱為乙型肝炎病毒脫氧核糖核酸多聚酶（聚合酶） 。此酶為乙型肝炎病毒脫氧核糖核酸生物合成所必需 。血清乙型肝炎病毒脫氧核糖核酸多聚酶陽性是乙型肝炎病毒復制活躍和傳染性強的標志 。
4.X基因區全長462個堿基對，編碼154個氨基酸的多肽，即乙型肝炎x抗原 。乙型肝炎x抗原也是乙型肝炎病毒復制活躍和傳染性強的標志 。血清乙型肝炎x抗原及其抗體（抗HBx）動態變化和乙型肝炎e抗原及其抗體大體一致 。乙型肝炎x抗原有反式激活(transactivation）功能，可激活肝細胞基因組內的原癌基因，促使肝細胞癌變，故與原發性肝癌的發生有關 。血清乙型肝炎x抗體陽性提示乙型肝炎病毒復制減弱，但乙型肝炎e抗原陽性的慢性活動性肝炎、肝硬化和原發性肝癌患者血清中也常檢出乙型肝炎x抗體 。

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