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茶樹EST-SSRs分布特征及引物開發

為了在茶樹中開發EST-SSRs功能性標記 , 利用生物信息學方法對NCBI網上公開的3288奈茶樹(Camellia subebsus)ESTs序列進行EST-SSRs特征分析 。 剔除冗余序列 , 得到非冗余序列2083條 。 在非冗余序列中發現含不同重復基元SSRs的EST序列有385條 , 共486個EST-SSRs , 平均相隔2.10kb出現1個SSR 。 在2~6bp的重復基元中 , 二核苷酸重復基元的SSRs出現頻率最高(51.97%) , 其次是三核苷酸(19.55%) 。 對所有的重復基元類型進行統計分析發現 , 所占比例最高的是AG/CT(47.74%) , 其次分別是AT/TA(4.73%)和AAG/CTT(4.73%) 。 利用Prime5軟件 , 設計了206對EST-SSRs引物 , 隨機選用72對引物進行SSR擴增 , 發現31對引物可以擴增出條帶 , 其中29對引物具有多態性 , 多態性比率為93.5% 。 這些EST-SSRs將有助于茶樹基因組學方面的研究 。 【茶樹EST-SSRs分布特征及引物開發】完成機構:[1]中國農業科學院茶葉研究所/國家茶樹改良中心,杭州310008 [2]南京農業大學,南京210095

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