乙肝的發病機制十分復雜，但一般而言，肝細胞受乙肝病毒入侵后，乙肝病毒本身并不直接引起肝細胞病變，乙肝病毒只是利用肝細胞攝取的養料賴以生存并在肝細胞內復制 。乙肝病毒復制的標志物是乙肝表面抗原（HBsAg）、乙肝e抗原(HBeAg)和乙肝核心抗原(HBcAg)，它們都釋放在肝細胞膜上，激發人體的免疫系統來辨認，并發生免疫反應 。這種在肝細胞膜上發生的抗原抗體反應可造成肝細胞的損傷和破壞，從而產生了一系列的臨床癥狀 。
機體的免疫功能狀態直接影響著乙肝病毒感染的臨床表現和轉歸 。免疫反應正常者，通過細胞免疫殺死感染乙肝病毒的肝細胞，同時產生足量的特異性抗體如抗HBs，它可將乙肝病毒清除，機體恢復正常 。
免疫反應亢進者，產生抗HBs過早過多，與HBsAg形成抗體過剩的免疫復合物，導致局部過敏壞死反應，肝細胞大塊壞死而引起急性或亞急性重型肝炎 。
免疫反應低下者，由于所產生的抗HBs不足以清除體內乙肝病毒，病毒持續復制，而細胞毒性T細胞對感染的肝細胞攻擊反應較弱，肝細胞損傷較輕，表現為輕度慢性肝炎 。若宿主處于免疫耐受狀態，則雖有乙肝病毒復制，但不引起免疫反應，肝細胞沒被破壞，成為慢性HBsAg攜帶者 。
若乙肝病毒感染使HBsAg或HBcAg持續表達于肝細胞膜上，而抗HBs又不能清除乙肝病毒，則表現為慢性活動性肝炎（中、重度慢性乙肝） 。

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