如前所述，中藥指紋圖譜的研究以反映中藥的整體化學特征為立論依據，提出以解決兩個關鍵技術為突破口，實現指紋圖譜技術在中藥質量控制方面的應用 。它的特色主要表現在三個方面：1、用規范化的程序獲得中藥特征性總成分提取物，并用1HNMR、HPLC、UV、IR等多種手段表征其組成和結構 。不同的表征手段間的區別主要表現在所得到的信息多少不同和操作上的方便程度不同 。同此，核心的問題在于這種特征性總成分提取物要有真正的特征性，它的組成和結構要能真正代表這種中藥 。
2、由于同時采用多種檢測手段來表征中藥特征總提物的結構和相對組成方式，因此，方便了各部門在質量控制方面可以根據自己的實際情況選擇應用 。其中，由于1HNMR具有操作簡便、快速、檢測成本低、重現性好和信息量大等優點，更是中藥指紋圖譜研究的主要特色之一 。
3、中藥指紋圖譜的解析研究以及中藥特征總提物和各單體成分的生理活性研究體現了這一技術的科學性 。
中藥指紋圖譜的研究將近代分離手段和儀器分析技術應用于中藥的質量控制，目的在于建立一種新的質量控制方法，因此，是一種具有創新性的研究工作 。另外，每種中藥指紋圖譜的建立和對其進行的解析也均具有顯著的創新性 。

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